Здравствуйте, Петр.
На внешний вид паркета влияет ряд факторов: хим. состав лака и грунтовки, количество слоев, способ нанесения, порода древесины.
Но в данном случае скорее всего мы имеем дело с разной "оптикой" лакового слоя, нанесенного одновременно на необработанную и на уже лакированную древесину.
Любые работы: шлифовка, шпатлевка, грунтование, покрытие лаком,- должны проводится по всей площади помещения. Обработка локальных участков может привести к появлению хорошо различимых "заплаток". Такова особенность работы с паркетными лаками.
В вашем случае гарантированно исправить ситуацию может только полная перешлифовка паркета.
PS. При работе с паркетными маслами таких проблем не возникает.