К сожалению Вы допустили несколько очень серьезных ошибок при устройстве пола, которые и явились причиной скрипа. Во-первых ДСП использовать в данном случае нельзя ни в коем случае! Даже прочнейшая фанера укладывается в таких случаях (на лаги) в два слоя (2х12 или 2х15) внахлест, чтобы швы верхнего и нижнего слоев не совпадали. ДСП вообще нельзя использовать в качестве основания под массивную доску или штучный паркет. Кроме того, штучный паркет или массивная доска удерживается на основании за счет клея нанесенного по нижней пласти! Мы рекомендуем для массивной доски двухкомпонентные клея. Шпильки (у Вас саморезы) используются лишь для фиксации и прижима паркетной клепки или доски на время высыхания клея (разумеется потом они там и остаются, но назначение у них именно такое).
Как мы уже неоднократно писали, технологичный способ исправления здесь только один - переделать то что сделано неправильно. Т.е. настелить фанеру и на нее, после шлифовки, клеить доску.
Другие способы технологичными неявляются. Соответственно результат совершенно не гарантирован.
Уменьшить влияние влажности паркета можно устроив гидроизоляцию стяжки.
Если имеются в виду отклонения на одной доске, а не на разных, то конечно неизбежны щели. Решайте сами насколько для Вас приемлемо такое покрытие.